U jesen 1096, istim drumom je krenula drugačija, bolje organizovana vojska. Predvodio ju je Gotfrid Bujonski, vođa Prvog krstaškog pohoda. Bolje pripremljeni, riteri su stupili u kontakt sa ugarskim i vizantinskim vlastima, da bi obezbedile nesmetani prelaz preko Save, u čemu su i uspele. Gotfrid je sa drugim vođama prenoćio u Beogradu, dok mu je vojska logorovala u okolini. Vizantinci ubrzo vraćaju Beograd, ali ga i ponovo gube. Tek za vlade Manojla I Komnina (1143-1180) uspevaju da ga trajnije zadrže i utvrde, gradeći novi kastel čiji su neznatni ostaci danas vidljivi. Tokom njegove vladavine, 1147. kroz Beograd nesmetano prolazi car Svetog rimskog carstva Konrad, a za njim i francuski kralj Luj VII, čiji su se odredi spuštali vodom, niz Dunav. Više od četiri decenije docnije, 1189, kroz grad prolazi i u njemu slavi praznik Svetog Petra i Pavla (29.jun) car Fridrih Barbarosa, čija vojska zatiče polurazrušeno utvrđenje pograničnog vizantinskog grada na izdisaju, i nastavlja duž Via militarisa ka Carigradu.
Po Manojlovoj smrti, anarhiju koristi ugarski kralj Bela, koji u savezu sa raškim velikim županom Stefanom Nemanjom napada vizantinske zagranične oblasti, pa osvaja i Beograd. Iako grad prelazi iz ruke u ruku, vizantinski uticaj krajem XII veka nepovratno slabi. Ovaj prostor ostaje granica, ali između Ugarske i Bugarske, pa Beograd tako kroz XIII vek menja gospodare. U prvim decenijama preovlađuju Bugari, čiji vladara Jovan Asen utvrđuje grad i dodeljuje trgovačke privilegije Dubrovčanima, koji posluju u Beogradu. Međutim, 1232. grad prelazi u ruke ugarskog kralja i završava se njegova vizantinska i bugarska epoha. Reformama ugarskog kralja Bele IV oblasti južno od Save i Dunava postaju čvršće integrisane u ugarsko kraljevstvo, i Beograd postaje delom Mačvanske banovine. Ovu banovinu 1284. dobija na upravu srpski kralj Dragutin, koji se dve godine pre odrekao prestola u korist mlađeg brata Milutina. Muž ćerke ugarskog kralja Stefana, Dragutin dobija i Beograd, koji tako prvi put postaje deo srpske srednjevekovne države.
